用 MOE 2024.0601 将 Cys 与 CL2A–SN-38 做 Michael 加成时,Combinatorial Library 显示 C2=0,产物数也为0。检查三维结构,maleimide 的双键和两个羰基都正常。
排查 MDB 和界面源码后发现:输入有203个原子,其中106个是重原子。`combitools_ui.svl` 设置 `MAX_INPUT_ATOMS=150`,仅接受原子数小于150的记录;显式氢也计入,因此分子在匹配前就被跳过,界面却没有提示超限。
解决方法:保留原库,另存去除显式氢的输入 MDB。原子数降至106,前后提取的含手性 SMILES 完全一致;MOE 在反应匹配时自动加氢,测试已能匹配受体。
遇到 C2=0,除了检查字段和反应位点,也应检查保存的总原子数。该规则可能匹配多个位置,生成后仍要核对 Cys 是否连接到 maleimide。